Moodle+JupyterHub のバックアップ(No.12)

Moodle & JupyterHub 連携 †[edit]

LTI カスタムパラメータを使用した Moodle + JupyterHub 連携を研究中
Moodle
JupyterHub
Docker
Podman

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Moodle †[edit]

Moodle 3.5以上（それ未満でも動くかもしれない．要 LTIサポート）
JupyterHub が動くホストとは別のホストでもOK
外部サービス，Webサービスを使用する．

LTIDockerSpawner を使用する場合はMoodle ホスト側に，少なくとも docker-ce-cli/docker-cli がインストールされている必要がある．
LTIPodmanSpawner を使用する場合はMoodle ホスト側に，少なくとも podman-remote がインストールされている必要がある．

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外部サービス †[edit]

LTI 認証モジュールと連携して SSOを実現する．
管理者IDで，「サイト管理」=> 「プラグイン」=> 「外部ツール：ツールを管理する」（=>「ツールを手動設定する」）
- デフォルト起動コンテナは「新しいウィンドウ」にする．

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Webサービス †[edit]

Option
Feserver からの XML-RPC を受け入れて，データをDBに格納する．
- データ収集を行わない（Feserverを使用しない）なら，不必要

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Container †[edit]

Docker または Podman が使用可能

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Docker †[edit]

CentOS8

(base) # dnf config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo
(base) # dnf -y install docker-ce docker-ce-cli containerd.io --nobest --allowerasing
(base) # systemctrl enable docker
(base) # systemctrl start docker
(base) # docker pull jupyterhub/singleuser
(base) # docker pull jupyter/datascience-notebook

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Podman †[edit]

CentOS8

(base) # dnf -y install podman
(base) # dnf -y install podman-remote
(base) # dnf -y install podman-docker

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JupyterHub †[edit]

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with pip †[edit]

# yum install python39
# alternatives --config python3
# /usr/bin/pip3.9 install --upgrade pip
# yum install npm
# npm install -g configurable-http-proxy
# pip install setuptools_rust
# pip install jupyterhub
# pip install dockerspawner
# pip install jupyter
# pip install --upgrade notebook
# pip install --upgrade jupyterlab
# pip install jupyterlab-language-pack-ja-JP
# jupyterhub --version
# jupyter --version
# jupyter notebook --version
# jupyter lab --version

update

# pip install --upgrade pip
# pip install --upgrade jupyter
# pip install --upgrade jupyterhub
# pip install --upgrade dockerspawner
# pip install --upgrade notebook
# pip install --upgrade jupyterlab

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with conda †[edit]

(base) # conda create -n jupyterhub python=3.8 -y
(base) # conda activate jupyterhub
(jupyterhub) # conda install -c conda-forge notebook -y
(jupyterhub) # conda install -c conda-forge jupyterlab -y
(jupyterhub) # conda install -c conda-forge jupyterhub==1.4.2  -y
(jupyterhub) # conda install -c conda-forge voila -y
(jupyterhub) # conda install jupyter_client -y
(jupyterhub) # pip --no-cache-dir install git+https://github.com/jupyterhub/dockerspawner.git　　　#(必要なら)

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設定＆起動 †[edit]

作業ディレクトリ
- mkdir -p /var/lib/jupyterhub/
FireWall
- firewall-cmd --add-port 8000/tcp --permanent
- firewall-cmd --reload

vi jupyterhub_config.py
- IPアドレス，サーバ証明書，Dockerイメージの選択
起動
- conda activate jupyterhub (condaの場合)
- jupyterhub -f jupyterhub_config.py

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SystemUserSpawner †[edit]

最新版では未使用

Container として Docker を使用する場合に必要．Podman を使用する場合は不要．

JupyterHub の DockerSpawner を継承．
- システムのユーザを使用可能．
- システムのユーザのホーム領域をマウント可能．

2021 7/12（またはそれ以降）版推奨
https://github.com/jupyterhub/dockerspawner/blob/master/dockerspawner/systemuserspawner.py
JupyterHub のインストールで，一緒にインストールされる．（バージョンが古い場合は手動インストール）

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NSS †[edit]

ユーザ情報として /etc/passwd（/etc/group）の情報が必要
システム（Containerを動かすホスト上）のユーザでなくても良い．
- LDAP か下記の altfiles を使用する

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altfiles †[edit]

ユーザの passwd, grouop 情報が必要
SystemUserSpawner 用の NSS を使用したシステムのユーザ情報の入手方法（LDAP を使用する手もある）
getent passwd と getent group で情報が取れるようになれば OK
ファイルの設置場所はコンパイル時に指定

# git clone https://github.com/aperezdc/nss-altfiles.git
# cd nss-altfiles/
# ./configure --prefix=/usr --datadir=/usr/local/etc --with-type=pwd,grp
# make
# make install
# ln -s /usr/lib/libnss_altfiles.so.2 /usr/lib64/libnss_altfiles.so
# ldconfig

# cd /usr/local/etc
# wget https://XXXX/.../passwd
# wget https://XXXX/.../group          (group は 必要な物だけ /etc/group を編集しても良い)

/etc/nsswitch.conf

passwd: files altfiles
group:  files altfiles

ユーザアカウントの整合性を取る．
- システム（Containerを動かすホスト上）のユーザとユーザ名，ユーザIDが被っていないかチェックする．

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LTI Authenticator †[edit]

Moodle と連携する為の認証モジュール（Moodleの外部サービスを使用）
先に authlib を入れておく．
- conda install oauthlib or pip install oauthlib

v1.5.0 release
- https://pypi.org/project/jupyterhub-ltiauthenticator/1.5.0/
v1.2.0 release (2021 9/2)
- https://pypi.org/project/jupyterhub-ltiauthenticator/1.2.0/
- Moodle に対して Patch 不要

(jupyterhub)# pip install --upgrade jupyterhub-ltiauthenticator

Jupyterhub_conifg.py

# for LTI v1.2.0
c.JupyterHub.authenticator_class = 'ltiauthenticator.LTIAuthenticator'
c.LTI11Authenticator.consumers = {
   "b18e82ec683724743236fade71350720029a29144a585c66f6741d8e9c6e0d83" : "c0fe2924dbb0f4701d898d36aaf9fd89c7a3ed3a7db6f0003d0e825a7eccb41c"
}
c.LTI11Authenticator.username_key = 'ext_user_username'

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* old †[edit]

ltiauthenticator-1.0.0.path は MDLDockerSpanwer に同梱

pip install jupyterhub-ltiauthenticator
cd ......./ltiauthenticator
patch -p1 < ~/mdldockerspawner/etc/ltiauthenticator-1.0.0.path

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Culler（option） †[edit]

オプション機能．無くても良い．
接続の切れた docker コンテナを削除する
使用しない場合は，LTIDockerSpawner/LTIPodmanSpawner の設定ファイルの該当部分をコメントアウトする．
- cull_idle_servers

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cull_idle_servers.py †[edit]

https://github.com/jupyterhub/jupyterhub/tree/a6b7e303df03865d6420f6bccdf627b39f1d0dc1/examples/cull-idle
- 色々と試した中ではこれが一番良かった．

wget で DLして /usr/local/bin にコピー

pip3 install wheel 
pip3 install pycurl   (pthon3-devel が必要)
wget https://raw.githubusercontent.com/jupyterhub/jupyterhub/a6b7e303df03865d6420f6bccdf627b39f1d0dc1/examples/cull-idle/cull_idle_servers.py
cp cull_idle_servers.py /usr/local/bin
chmod a+rx /usr/local/bin/cull_idle_servers.py

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連携拡張 by NSL †[edit]

MS Windows のことは何も考慮していませんので，MS Windowsでは多分動きません．

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Moodle †[edit]

LTIDockerSpawner を使用する場合はMoodle ホスト側に，少なくとも docker-ce-cli/docker-cli がインストールされている必要がある．
LTIPodmanSpawner を使用する場合はMoodle ホスト側に，少なくとも podman-remote がインストールされている必要がある．

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LTIContainerSpawner †[edit]

https://gitlab.nsl.tuis.ac.jp/iseki/lticontainerspawner
- git clone https://gitlab.nsl.tuis.ac.jp/iseki/lticontainerspawner.git

Moodle（その他の LTIコンシューマ）と JupyterHub の連携をとるための Spawner クラス．

LTIContainerSpawner は LTIDockerSpawner と LTIPodmanSpawner を纏めた呼び方．
- LTIContainerSpawner ＝ LTIDockerSpawner ＋ LTIPodmanSpawner

git clone https://gitlab.nsl.tuis.ac.jp/iseki/lticontainerspawner.git
cd lticontainerspawner/
make

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LTIDockerSpawner †[edit]

JupyterHub/SystemUserSpawner クラスを継承．
現時点（2021/10）では etc/jupyterhub_docker_config.py の中で実装

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LTIPodmanSpawner †[edit]

Podman が使用可能
JupyterHub/Spawner クラスを継承
niklas netter 氏の podmanspawner を利用 (very thanks!)
- https://github.com/gatoniel/podmanspawner

現時点（2021/10) では pod の起動に Popen() を使用している．
設定ファイルは etc/jupyter_podman_config.py

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機能 †[edit]

ユーザグループ機能の完全サポート
Moodle（その他の LTIコンシューマ）からの LTI カスタムパラメータを受信して動作．
環境変数を使用した start.sh による Jupyter Lab/Notebook コンテナの動作制御．

以下の機能をコースの外部サービス毎に設定可能
- 教師ユーザと学生ユーザの分離．
- ユーザ毎の Volume のマウント，及びアクセス権（教師と学生）の設定．
  - 教材の配布と収集に便利
- ユーザの作業用 Volumeの設定
- Volume への任意名でのアクセス．
- 起動イメージのリモート選択．表示名のフィルタリング．Jupyter Lab/Notebook でないイメージを選択すると漏れなく死にます :-o
- 起動 URL（Lab/Notebook）の選択．
- ~~iframe サポート~~ 一部のみサポート：動くための条件がシビア（tornado のバージョンやブラウザの種類によって条件が変わる）
- CPU/Momery の制限

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Volume 名に関する制約 †[edit]

ボリューム名には小文字のアルファベット・数字以外は使用できない．特殊文字も使用できない．（snake_case）
大文字のボリューム名は小文字に変換される．
ボリュームに対して同じボリューム名・アクセス名を指定した場合は，最初の物が優先される．
一個の JupyterHub に対して複数の Moodle からのアクセスをサポート
アクセス名の先頭に - を付けた場合は，教師ユーザのみシンボリックリンクが張られる

注）アクセス名：ボリュームへ張られるシンボリックリンクの名前

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注意事項 †[edit]

iframe
- ~~Moodle で埋め込み（iframe）表示を行う場合は，Moodle と JupyterHub を同じホストにするか，Moodle のホスト上で feserver を動かす．~~
- ~~iframe 対応．ただし tornado が cookie の samesite を解釈可能なこと．（python3.8以上）~~
- tornado のバージョンやブラウザの種類によって条件が変わるので，部分的サポートとする．

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起動 †[edit]

jupyterhub -f lticontainerspawner/etc/jupyterhub_docker_config.py
jupyterhub -f lticontainerspawner/etc/jupyterhub_podman_config.py

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mod_lticontainer †[edit]

https://gitlab.nsl.tuis.ac.jp/iseki/mod_lticontainer

MDLDockerSpawner/LTIPodmanSpawner サポート用 Moodleモジュール

docker のリモート制御について
- docker クライアント（docker-cd-cli : /usr/bin/docker) が必要
- dockerd が動いているホストに ssh できる，ホスト上のユーザ（dockerのソケットのグループに所属）が必要

podman のリモート制御について
- podman コマンド（podman-remote) が必要
- podman が動いているホストに ssh できる，ホスト上のユーザ（podmanのソケットのグループに所属）が必要

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機能 †[edit]

LTI のカスタムパラメータ管理
Docker/Podman のリモート制御
- イメージの一覧の取得
- Volume 管理（作成，表示，削除）
WebService
- feserver （feplg_nbws.so）からのデータを XML-RPC で受信し，データベースに格納
- データ利用については &font(Red){未実装};．
https://docs.moodle.org/dev/Charts_API

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Docker を使う場合 †[edit]

JupyterHub/Docker が起動するホスト上にアクセス用ユーザを用意する．
- ~~アクセス用ユーザのホームディレクトリについて，アクセス用ユーザが書き込み可能であること．~~
  - ~~CentOS8 で嵌った．ユーザを dockerにしたんだが，dockerのホームディレクトリなのに，dockerが書き込み可能でなかった．~~　（勘違い？）
- アクセス用ーザが docker のグループに属していること（UNIXソケットファイルにアクセスするため）．
- アクセス用ユーザのログインシェルは不要-- アクセス用ーザが docker のグループに属していること（UNIXソケットファイルにアクセスするため）．
- アクセス用ユーザのログインシェルは不要
Webサーバの実効ユーザが自分のホームディレクトリについて，書き込み可能であること．

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Podman を使う場合 †[edit]

JupyterHub/Podman が起動するホスト上にアクセス用ユーザを用意する．
- アクセス用ユーザのログインシェルは不要
- Moodleホストからのアクセスには podman-remote か podman --remote コマンドを使用する
Webサーバの実効ユーザが自分のホームディレクトリについて，書き込み可能であること．
Podman が起動するホスト上の socket は /var/run/podman/podman.sock
- /var/run/podman/ のパーミッションを drwxrws--- とし，グループを root 以外に設定．
- socket を読み書きできるアクセス用ユーザを作成する（グループが同じになるようにする）．
  - 例えば podman グループ（アクセス用ユーザはこのグループに参加する必要がある）を作成した場合　（root podman drwxrws---）

/usr/lib/systemd/system/podman.socket

[Unit]
Description=Podman API Socket
Documentation=man:podman-system-service(1)

[Socket]
ExecStartPre=/usr/bin/chgrp podman /var/run/podman
ExecStartPre=/usr/bin/chmod g+rwxs /var/run/podman
ListenStream=%t/podman/podman.sock
SocketMode=0660

[Install]
WantedBy=sockets.target

# adduser podman
# passwd podman
# vi  /usr/lib/systemd/system/podman.socket
# mkdir /var/run/podman
# systemctl enable podman
# systemctl start podman

Trouble
- podman.socket が勝手に再起動を繰り返す．
- 再起動する度に /var/run/podman が作り直されるので，パーミッションが rwx------ に戻ってしまう．
- 制御用のユーザプロセスがソケットにアクセスできなくなる．
  - これは CentOS7 での現象（バージョンが古いせいかも）．CentOS8では問題なし．

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Ltictr_Proxy †[edit]

feserver + feplg_nbws.so の代わりとなる Ltictr_Proxy を作成したので，今後はこちらを用いる（2022/2/13）

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参考：feserver †[edit]

http://www.nsl.tuis.ac.jp/svn/linux/feserver/trunk

feserver フロントエンドサーバ（TCP中継サーバ）
MITM 的動作を行う私的試験用ツール．（一応公開もしている. svn co http://www.nsl.tuis.ac.jp/svn/linux/feserver/trunk feserver）
各種モジュールを読み込むことにより，色々な通信データの処理が可能．

コンパイルに JunkBox_Lib が必要

# svn co http://www.nsl.tuis.ac.jp/svn/linux/JunkBox_Lib/trunk JunkBox_Lib
# cd JunkBox_Lib
# ./config.sh
# ./configure --enable-ssl
# make
# cd ..
# svn co http://www.nsl.tuis.ac.jp/svn/linux/feserver/trunk feserver
# cd feserver
# make
# vi nbsw.conf
# ./fesvr ......  -m feplg_nbws.so  --conf nbsw.conf

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起動例 †[edit]

./fesvr -h 172.22.1.75:8000 -p 9000 -m feplg_nbws.so -c -s --conf nbsw.conf

Usage... ./fesvr -h host_name[:port] -p port -m module_path [-s] [-c] [-i] [-u user] [-f pid_file] [-d] [--conf config_file] [--cert cert_file] [--key key_file]
- -h : サーバFQDN + ポート番号．サーバのポート番号を省略した場合は，ローカルポートの番号と同じになる．必須
- -p : ローカルポート番号．必須
- -m : 処理モジュール．必須
- -u : 実効ユーザ名
- -i : デーモンモードを無効化．スーパデーモン経由で使用する場合に指定する
- -d : デバッグモード．喧しモード．
- -s : サーバに対してSSL/TLS接続になる（fesrv はSSL/TLSクライアントとなる）．サーバ証明書の検証は行わない．
- -c : クライアントに対してSSL/TLS接続になる（fesrv はSSL/TLSサーバとなる）．
- --conf : 設定ファイル指定
- --cert : -c を指定した場合のサーバ証明書：PEM形式．設定ファイル内でも指定可能．デフォルトは /etc/pki/tls/certs/server.pem
- --key : -c を指定した場合のサーバの秘密鍵：PEM形式．設定ファイル内でも指定可能．デフォルトは /etc/pki/tls/private/key.pem

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feplg_nbws.so モジュール †[edit]

Moodle と JupyterHub の中間に位置し，通信情報（主に WebSocktの通信情報）を収集して XML-RPC で Moodle に返すためのモジュール
ユーザから見ると，リバースプロキシのように見える．
機能
- 通信の中継
- WebSocket 通信の解析．
- HTTP(S)通信の解析．
- Cookie の挿入．
- Moodle への XML-RPC 通信．（MoodleのWebサービスを使用）

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* feplg_nbws.so の設定ファイル（nbws.conf） †[edit]

Moodle_Host = XML-RPC を行うホスト名（FQDNまたはIPアドレス）．デフォルトは localhost
Moodle_Port = XML-RPC を行うホストのポート番号．デフォルトは 80
Moodle_TLS = XML-RPC を行う際に HTTPS を使用するかどうか．デフォルトは FALSE．
- 注:HTTPS通信を行う場合，相手（Moodleホスト）のサーバ証明書は検証しない．
Moodle_URL = XML-RPC を行うURLのディレクトリ情報．デフォルトは /webservice/xmlrpc/server.php
Moodle_Token = Moodle から発行されたトークン．下記参照（必須）
Moodle_DBAns = XML-RPC を行った場合の返答を表示するかどうか．デバッグ用．デフォルトは FALSE
Moodle_Servide = XML-RPC のサービス名．デフォルトから変更する必要はない．変更すると動かなくなる．デバッグ用．デフォルトは mod_mdlds_write_nbdata
Moodle_HTTP = XML-RPC を行う際の HTTPのプロトコルバージョン．1.1 か 1.0 を指定．多分 1.1 で問題ない．デフォルトは 1.1

以下，各モジュール共通の設定．コマンドラインで指定した場合は，そちらが優先．
- Fesvr_Server_Cert = Feserver 本体用の設定．HTTPS通信を行う場合のサーバ証明書（PEM形式）
  - デフォルトは /etc/pki/tls/certs/server.pem
- Fesvr_Private_Key = Feserver 本体用の設定．HTTPS通信を行う場合の秘密鍵ファイル（PEM形式）
  - デフォルトは /etc/pki/tls/private/key.pem

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* Moodle 側の設定（Webサービスを利用するためのトークンの取得） †[edit]

管理者IDで「サイト設定」 -> 「プラグイン」 -> 「ウェブサービス」 -> 「外部サービス」
1. 「Jupyter Lab/Notebook Data」の項目を確認
2. 「Jupyter Lab/Notebook Data」の「許可ユーザ」をクリック
  1. 適当なユーザ（教師ロールのユーザ）を選択し，許可ユーザとする
ウェブサービスのメニューまで戻って，「トークンを管理する」を選択．
1. 「追加」をクリック．
  1. ユーザ名に先程選択したユーザ名を入れる．
  2. サービスは「Jupyter Lab/Notebook Data」を選択
  3. 「変更を保存する」をクリック
2. 「トークンを管理する」まで戻ると，ユーザ用のトークンができているので，それをコピーする．
3. トークンは feplg_nbws の設定ファイルの Moodle_Token に設定する．

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ipynb_conv †[edit]

ipynb ファイルの（コード）タグに解析用の通し番号を入れるツール
LTIContainerSpawner に同梱（C言語）
~~phpバージョンもあり（現時点で使用予定なし．サンプルコード）~~
- PHPバージョンは，C言語バージョンにバグがあった場合の保険．（最初から PHPバージョンを使えと言う指摘は最もですが.... C言語バージョンを折角作ったので....）

↑

Jupyter Lab/Notebook コンテナイメージ †[edit]

機能を全て利用するには，専用の（start.sh を入れ替えた）コンテナイメージが必要．
MDLDockerSpawner に Dokerfile 同梱
JupyterHub/devel

start.sh 入れ替え後でも，通常の DockerSpanwer で問題なく起動できるようにしたい（下位互換性）

↑

Trouble Shooting †[edit]

↑

mod_lticontainer †[edit]

↑

500 Server Error †[edit]

mod_lticontainer でユーザを削除する．

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local user で JupyterHubにアクセスできない．アクセスバーは途中まで． †[edit]

ホームディレクトリ内のドット付きディレクトリのユーザを調べる．
本来のオーナでない場合は，修正する．

↑

Setup †[edit]

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Example †[edit]

Rocky Linux
Debian

Moodle+JupyterHub のバックアップ(No.12)

Moodle & JupyterHub 連携 †[edit]

最新メモ †[edit]

Moodle 4.3.3 で JupyterLab にログインする途中で止まる（プログレスバーの表示で，半分くらいでタイムアウトする）[edit]

2023/12/27 docker.errors.DockerException: Error while fetching server API version: request() got an unexpected keyword argument 'chunked' †[edit]

podman での Internal Server Error 500 †[edit]

2023/05/07 †[edit]

Gitlab †[edit]

Gitlab Wiki †[edit]

Source Code †[edit]

既存システム †[edit]

Moodle †[edit]

外部サービス †[edit]

Webサービス †[edit]

Container †[edit]

Docker †[edit]

Podman †[edit]

JupyterHub †[edit]

with pip †[edit]

with conda †[edit]

設定＆起動 †[edit]

SystemUserSpawner †[edit]

NSS †[edit]

altfiles †[edit]

LTI Authenticator †[edit]

* old †[edit]

Culler（option） †[edit]

cull_idle_servers.py †[edit]

連携拡張 by NSL †[edit]

Moodle †[edit]

LTIContainerSpawner †[edit]

LTIDockerSpawner †[edit]

LTIPodmanSpawner †[edit]

機能 †[edit]

Volume 名に関する制約 †[edit]

注意事項 †[edit]

起動 †[edit]

mod_lticontainer †[edit]

機能 †[edit]

Docker を使う場合 †[edit]

Podman を使う場合 †[edit]

Ltictr_Proxy †[edit]

参考：feserver †[edit]

起動例 †[edit]

feplg_nbws.so モジュール †[edit]

* feplg_nbws.so の 設定ファイル（nbws.conf） †[edit]

* Moodle 側の設定 （Webサービスを利用するためのトークンの取得） †[edit]

ipynb_conv †[edit]

Jupyter Lab/Notebook コンテナイメージ †[edit]

Trouble Shooting †[edit]

mod_lticontainer †[edit]

500 Server Error †[edit]

local user で JupyterHubにアクセスできない．アクセスバーは途中まで． †[edit]

Setup †[edit]

Example †[edit]

* feplg_nbws.so の設定ファイル（nbws.conf） †[edit]

* Moodle 側の設定（Webサービスを利用するためのトークンの取得） †[edit]